Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Vol. 2 Part A

Preface to Volume Two of the Second Edition of Bergey's Manual_ of Systematic Bacteriology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ix Preface to the First Edition of Bergey's Manual_ of Systematic Bacteriology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xi Preface to the First Edition of Bergey's Manual_ of Determinative Bacteriology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii Contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xvii The History of Bergey's Manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 On Using the Manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 Procaryotic Domains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Classification of Procaryotic Organisms and the Concept of Bacterial Speciation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 Identification of Procaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 Numerical Taxonomy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 Polyphasic Taxonomy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 Overview: A Phylogenetic Backbone and Taxonomic Framework for Procaryotic Systematics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 Nucleic Acid Probes and Their Application in Environmental Microbiology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 Bacterial Nomenclature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 Etymology of Nomenclature of Procaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 Microbial Ecology-New Directions, New Importance . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 Culture Collections: An Essential Resource for Microbiology . . . . . . . . . . . . 111 Intellectual Property of Procaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 Anoxygenic Phototrophic Purple Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 Aerobic Bacteria Containing Bacteriochlorophyll and Belonging to the Alphaproteobacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 Nitrifying Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137 The Lithoautotrophic Ammonia-Oxidizing Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 The Lithoautotrophic Nitrite-Oxidizing Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149 Bacteria that Respire Oxyanions of Chlorine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155 The Revised Road Map to the Manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159 Bibliography . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221 Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281